有機(jī)肥原料多種多樣，這里拿畜禽糞便為例，以發(fā)酵形式、流動(dòng)過(guò)程、發(fā)酵狀況以及 提供氧氣的方式為依據(jù)，將發(fā)酵系統(tǒng)劃分為條垛式系統(tǒng)、發(fā)酵槽式系統(tǒng)和發(fā)酵倉(cāng)系統(tǒng) 。

　　1.條垛式系統(tǒng)是一種傳統(tǒng)的堆肥發(fā)酵系統(tǒng)，它將原料堆放成多條平行的條垛，其截面一般呈梯形、不規(guī)則四邊形或三角形。這種發(fā)酵方法通常使用行走式翻堆機(jī)進(jìn)行翻堆作業(yè)，以便定期為堆肥提供氧氣。行走式翻堆機(jī)又稱(chēng)自走式翻堆機(jī)，按其行走方式可分為輪式翻堆機(jī)和履帶式翻堆機(jī)，不同的高度和左右輪距適宜不同的產(chǎn)量需求，用戶(hù) 可根據(jù)實(shí)際需要來(lái)購(gòu)買(mǎi)相應(yīng)的翻堆機(jī)設(shè)備。

　　2.發(fā)酵槽式系統(tǒng)是將原料放置在砌好的發(fā)酵槽中，由于有兩側(cè)墻壁擋著，便可以堆放較高的高度，較條垛式方法來(lái)說(shuō)更節(jié)省空間，因此成為了有機(jī)肥生產(chǎn)廠(chǎng)家普遍使用的一種發(fā)酵方式。根據(jù)發(fā)酵產(chǎn)量的需求，適合槽式發(fā)酵系統(tǒng)使用的翻堆機(jī)有普通槽式翻堆機(jī)、鏈板式翻堆機(jī)、雙螺旋式翻堆機(jī)等等，發(fā)酵槽高度也由1米至2米不等，發(fā)酵槽寬度在3米至10多米這個(gè)區(qū)間。

　　3.發(fā)酵倉(cāng)系統(tǒng)是將原料置于部分或全部封閉的容器內(nèi)，控制通氣和水分條件，使物料得以進(jìn)行生物降解。這種系統(tǒng)區(qū)別于前兩者的地方在于它將生產(chǎn)有機(jī)肥的原料放置在一個(gè)密閉的容器內(nèi)進(jìn)行發(fā)酵，整個(gè)發(fā)酵過(guò)程中在通風(fēng)、溫控、濕控、物料腐熟及自動(dòng)出料等方面實(shí)現(xiàn)了自動(dòng)化。但從使用率上來(lái)講，由于其高昂的投資成本，發(fā)酵倉(cāng)系統(tǒng)目前在發(fā)達(dá)國(guó)家使用較為普遍，實(shí)現(xiàn)了半機(jī)械化操作。