現(xiàn)代農(nóng)業(yè)主要依靠化肥、農(nóng)藥的大量投入，這就使得生態(tài)系統(tǒng)原有的平衡被打破，農(nóng)藥在殺死害蟲的同時，也使有益生物特別是鳥類、魚類等遭受滅頂之災(zāi)。近幾十年來出現(xiàn)的全球范圍的生物多樣性退化也與農(nóng)藥的使用有很大關(guān)系。土壤被譽為萬物之母，它是多種生物棲息的場所。研究表明，現(xiàn)代農(nóng)業(yè)土壤中的生物活性只及傳統(tǒng)農(nóng)業(yè)土壤的1/10。土壤有機物的耗竭，使其保水、保肥能力大大下降，這就加劇了水土流失和旱澇災(zāi)害。我國"九五"期間重點治理的滇池、巢湖、太湖都是以水體富營養(yǎng)化為主要特征，而從農(nóng)田流入水體的化學(xué)氮磷肥是造成湖泊營養(yǎng)化的重要原因。據(jù)種種分析看來，我國農(nóng)業(yè)環(huán)境發(fā)展需要來完成。
近年來，越來越多的科學(xué)研究表明，食物中的農(nóng)藥殘留對人體的影響不僅表現(xiàn)為直接的毒害，間接危害也很嚴重。有報道說，農(nóng)藥在降解過程中將形成各種各樣的中間體，其中某些中間體的分子結(jié)構(gòu)與動物體內(nèi)的雌性激素十分相似，這可能是導(dǎo)致整個生物界(包括人類)雄性退化的重要原因。在日本，兒童皮膚過敏癥非常普遍，這與食物中的農(nóng)藥殘留有關(guān)。將有機肥設(shè)備農(nóng)業(yè)生產(chǎn)從常規(guī)方式轉(zhuǎn)向綠色、有機方式，則可以從根本上解決這些問題。