當(dāng)然，考慮微生物菌肥主要成分為生物活性菌，在使用過程中存在以下幾方面不足：
1、見殺菌劑就死亡，不能與殺菌劑混合使用，防治根腐病、根癌等土傳病害；

2、見紫外線就死亡，秋季施基肥時期為太陽紫外線質(zhì)量最好階段，紫外線可以殺滅微生物菌肥里面的生物活性菌；

3，與化肥混用要注意化肥用量不能過大。高濃度的化學(xué)物質(zhì)對菌肥里的微生物有毒害作用，尤其注意不能與碳酸氫銨等堿性肥料和硝酸鈉等生理堿性肥料混用。
 
另外，菌肥中的菌賴以生存的條件是有機(jī)質(zhì)。土壤中有足夠的有機(jī)物或腐殖質(zhì)時才能被微生物菌利用，進(jìn)而使土壤微生物快速繁衍，激活營養(yǎng)元素。微生物菌在土壤中作用主要是產(chǎn)生各種酶，分解各種養(yǎng)分，產(chǎn)生各種酸和二氧化碳，給作物提供更多養(yǎng)分。而微生物菌要成活和繁殖，土壤中要有足夠的有機(jī)質(zhì)才行。所以我們提倡有機(jī)肥和和菌肥搭配使用！

再有，不同菌種在土壤中將起到不同作用，供您參考 
　　枯草芽孢桿菌：可增加作物抗逆性、固氮。 
　　巨大芽孢桿菌：能釋放出可溶磷、鉀元素及鈣、硫、鎂、鐵、鋅、鉬、錳等中微量元素。 
　　地衣芽孢桿菌：能抗病、殺滅有害菌。 
　　蘇云金芽孢桿菌：能殺蟲(包括根結(jié)線蟲)，對鱗翅目等節(jié)肢動物有特異性的毒殺活性。 
　　膠質(zhì)芽孢桿菌：具有溶磷、釋鉀和固氮功能，能分泌多種酶，增強(qiáng)作物對一些病害的抵抗力。 
　　涇陽鏈霉菌：具有增強(qiáng)土壤肥力、刺激作物生長的能力。 
　　菌根真菌：能擴(kuò)大根系吸收面，增加對原根毛吸收范圍外的元素(特別是磷)的吸收能力。 
　　光合菌群：是肥沃土壤和促進(jìn)動植物生長的主力部隊(duì)。 
　　凝結(jié)芽孢桿菌：可降低環(huán)境中的氨氣、硫化氫等有害氣體，提高果實(shí)中氨基酸的含量。 
　　米曲霉菌：能使秸稈中的有機(jī)質(zhì)成為植物生長所需的營養(yǎng)，提高土壤有機(jī)質(zhì)含量，改善土壤結(jié)構(gòu)。 
　　淡紫擬青霉菌：對多種線蟲都有防治效能，是防治根結(jié)線蟲最有前途的生防制劑。 
　　…… 
土壤理化性狀的改善，加強(qiáng)了土壤有益微生物的活動，從而最大限度促使有機(jī)物分解轉(zhuǎn)化，產(chǎn)生多種營養(yǎng)物質(zhì)和刺激性物質(zhì)，反過來又刺激微生物的生長發(fā)育，促進(jìn)作物生長，最終達(dá)到增產(chǎn)增收的目的。另外，功能性微生物在作物根系周圍形成優(yōu)勢種群，抑制或拮抗有害病原菌的生長繁殖，減輕了作物發(fā)生病害的程度，進(jìn)而起到增加產(chǎn)量的作用.
 
根系衰弱：根系靠什么促？

首先是根的趨水趨肥性，使根系有一種內(nèi)在的向外向下伸長的刺激，缺了有機(jī)質(zhì)的土壤含水性差，各類肥料溶液向根部“表達(dá)”能力差，致使根系生長的內(nèi)在刺激不足；其次，土壤微生物同根系的互動，是根系生長的外源刺激。

土壤板結(jié)的主要原因是有機(jī)質(zhì)的缺失，而不是由于使用化肥。這并不是說化肥對土壤板結(jié)沒影響。有機(jī)質(zhì)缺失，化肥對土壤板結(jié)影響的烈度就更加凸顯。而有機(jī)質(zhì)豐富，化肥被利用率大大提高了，化肥殘留于土壤中的硫酸根、氯離子、亞硝酸鹽等物質(zhì)會因轉(zhuǎn)化為水溶有機(jī)化合物， 以及豐富的土壤微生物的多重作用而無害化，使土地可以永續(xù)耕作。

所以歸根結(jié)底，化肥“使土壤板結(jié)”的負(fù)面作用并不是化肥之過，而是人們忽視了向土壤施用足量的有機(jī)肥料的結(jié)果。

土壤中有機(jī)質(zhì)不足，微生物繁殖所需的碳源不足，致使根際微生物群落稀疏，根系生長的外源刺激太弱，根系就失去了生長的外部刺激。

土壤板結(jié)和藥害（土壤中農(nóng)藥殘留嚴(yán)重）造成農(nóng)作物多種病害。如果土壤中有機(jī)質(zhì)豐富，這些危害是可以減輕甚至是可以避免的。